Aconabikh resguarda cerca de 22 especies de colibríes, pero en total son más de 400 las especies de aves que transitan sus pisos ecológicos. Entre las especies protegidas se encuentra el Koepcke´s Hermit (Phaethornis koepckeae) – también conocido como el Ermitaño de Koepcke, colibrí endémico del Perú y el Golden Headed Manaki. Además podemos encontrar otras aves como Búhos, Carpinteros, Hormigueros, Espigueros, Jacamares, Lechuzas, Mosqueritos, Oropéndolas, Semilleros, Saltarines, Tangaras, Tororoides, Tucanes, Trepadores, Trogones, etc.

Las especies de aves mas interesantes de ACONABIKH son: Koepcke’s Hermit (Phaethornis koepckeae), Yellow-billed Jacamar (Galbula albirostris), Spot-winged Antbird (Myrmelastes leucostigma), Spot-backed Antbird (Hylophylax naevius), Russet-crowned Crake (Anurolimnas viridis), Plumbeous Antbird (Myrmelastes hyperythrus), Pale-tailed Barbthroat (Threnetes leucurus), Ochre-bellied Flycatcher (Mionectes oleagineus), Musician Wren (Cyphorhinus arada), Long-tailed Potoo (Nyctibius aethereus), Long-billed Starthroat (Heliomaster longirostris), Gould’s Jewelfront (Heliodoxa aurescens), Golden-headed Manakin (Ceratopipra erythrocephala), Dwarf Tyrant-Manakin (Tyranneutes stolzmanni), Collared Puffbird (Bucco capensis), Blue-backed Manakin (Chiroxiphia pareola), Black-bellied Thorntail (Discosura langsdorffi), Band-bellied Owl (Pulsatrix melanota), Crested Owl (Lophostrix cristata), Spectacled Owl (Pulsatrix perspicillata), Tawny-bellied Screech-Owl (Megascops watsonii), Tropical Screech-Owl (Megascops choliba)